Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS4AQ9UN37 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS4AQ9UN37 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms