Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC4Q9NPD3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms