Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIM2P55344 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIM2P55344 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIM2P55344 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIM2P55344 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIM2P55344 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIM2P55344 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIM2P55344 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIM2P55344 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIM2P55344 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIM2P55344 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIM2P55344 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIM2P55344 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
LIM2P55344 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIM2P55344 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIM2P55344 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIM2P55344 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIM2P55344 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIM2P55344 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIM2P55344 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIM2P55344 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIM2P55344 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIM2P55344 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIM2P55344 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIM2P55344 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIM2P55344 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.5 ms