Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LINC01118-202ENST00000409912 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 UBL7-201ENST00000361351 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC234644.1-201ENST00000406065 370 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RPL13AP19-201ENST00000434320 584 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC078875.1-201ENST00000431907 724 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC015660.1-201ENST00000560103 395 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RN7SL774P-201ENST00000577467 290 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC006064.4-201ENST00000602946 422 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RASSF6-202ENST00000335049 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CYP4F23P-201ENST00000593402 1579 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NPM1P43-201ENST00000558669 786 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
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