Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
DKK3Q9UBP4 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms