Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PSMB4-201ENST00000290541 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 COX20P1-201ENST00000366529 357 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HLA-DQB2-232ENST00000437316 1214 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TNFSF11-201ENST00000239849 911 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 INS-IGF2-202ENST00000397270 828 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC02228-201ENST00000507600 534 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC01598-205ENST00000508763 719 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC02062-201ENST00000513175 478 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC136944.4-201ENST00000568893 660 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AP001184.1-201ENST00000637936 376 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SUPT4H1-201ENST00000225504 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ABHD4-201ENST00000216327 716 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL356756.1-201ENST00000550941 551 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MT3-203ENST00000565838 421 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC004837.1-201ENST00000446267 564 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 Z99943.1-201ENST00000451545 718 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AP000358.1-201ENST00000456260 156 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC024293.1-201ENST00000467930 498 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC018629.1-201ENST00000623381 1736 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 C8orf31-207ENST00000524181 1199 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TCL1A-205ENST00000555202 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC01569-203ENST00000573268 694 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 KRT8P31-201ENST00000504812 1408 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC01815-202ENST00000641468 1409 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HLA-DQB1-202ENST00000399079 1501 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 C1QA-202ENST00000402322 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL390778.2-201ENST00000420883 886 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
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