Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms