Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 PTPRS-204ENST00000587303 6353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 GTF2I-212ENST00000573035 4548 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 SAMD4A-202ENST00000392067 6833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 CCP110-203ENST00000396212 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 DISP3-201ENST00000294484 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 TFAM-204ENST00000487519 5414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
CCDC54Q8NEL0 RPGRIP1-210ENST00000556336 2955 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GAB1-202ENST00000262995 7981 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 WBP4-201ENST00000379487 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC35E2B-205ENST00000617444 6283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MEGF8-201ENST00000251268 9549 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 KIAA1161-201ENST00000297625 6398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms