Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
VPS54Q9P1Q0 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms