Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIG1P18858 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG1P18858 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms