Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms