Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC28BQ9BUN5 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms