Protein–RNA interactions for Protein: O00337

SLC28A1, Sodium/nucleoside cotransporter 1, humanhuman

Predictions only

Length 649 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC28A1O00337 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC28A1O00337 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A1O00337 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms