Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LIM2P55344 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LIM2P55344 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LIM2P55344 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LIM2P55344 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms