Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AC009133.1-201ENST00000569981 2449 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 AL669918.1-201ENST00000452392 2705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CLIP3Q96DZ5 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 CLCN7-201ENST00000262318 3717 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CLIP3Q96DZ5 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms