Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC3Q9NQT5 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC3Q9NQT5 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC3Q9NQT5 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
EXOSC3Q9NQT5 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms