Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
RPF1Q9H9Y2 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
RPF1Q9H9Y2 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms