Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
ZNF541Q9H0D2 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC28.64■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC28.64■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
ZNF541Q9H0D2 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
ZNF541Q9H0D2 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.49■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms