Protein–RNA interactions for Protein: Q86TL0

ATG4D, Cysteine protease ATG4D, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4DQ86TL0 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
ATG4DQ86TL0 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4DQ86TL0 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4DQ86TL0 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms