Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC88AQ3V6T2 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC88AQ3V6T2 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC88AQ3V6T2 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms