Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
CHD9Q3L8U1 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHD9Q3L8U1 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
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