Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC4P31431 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC4P31431 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC4P31431 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC4P31431 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC4P31431 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC4P31431 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC4P31431 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC4P31431 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC4P31431 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC4P31431 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC4P31431 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC4P31431 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC4P31431 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC4P31431 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC4P31431 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC4P31431 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC4P31431 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC4P31431 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC4P31431 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC4P31431 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC4P31431 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC4P31431 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC4P31431 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC4P31431 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC4P31431 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC4P31431 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC4P31431 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC4P31431 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC4P31431 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC4P31431 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms