Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC31.59■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC31.59■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC31.59■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC31.59■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
HOXC9P31274 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.57■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC31.57■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC31.57■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC31.57■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC31.54■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC31.54■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC31.54■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC31.54■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC31.53■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC31.51■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.51■■■□□ 2.64
HOXC9P31274 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC31.51■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC31.49■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC31.49■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC31.47■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
HOXC9P31274 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC31.44■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC31.43■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC31.43■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
HOXC9P31274 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.7 ms