Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
SMARCA1P28370 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.01■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.92
SMARCA1P28370 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC27.01■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms