Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SEMA3DO95025 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SEMA3DO95025 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SEMA3DO95025 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms