Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB3O75112 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB3O75112 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB3O75112 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB3O75112 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB3O75112 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB3O75112 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB3O75112 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB3O75112 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB3O75112 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB3O75112 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB3O75112 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB3O75112 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LDB3O75112 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LDB3O75112 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LDB3O75112 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB3O75112 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB3O75112 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB3O75112 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB3O75112 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB3O75112 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB3O75112 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB3O75112 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB3O75112 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB3O75112 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB3O75112 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB3O75112 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB3O75112 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LDB3O75112 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LDB3O75112 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LDB3O75112 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LDB3O75112 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LDB3O75112 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LDB3O75112 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LDB3O75112 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LDB3O75112 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LDB3O75112 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LDB3O75112 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LDB3O75112 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LDB3O75112 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LDB3O75112 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms