Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
USP28Q96RU2 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP28Q96RU2 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
USP28Q96RU2 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
USP28Q96RU2 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC33.04■■■□□ 2.88
USP28Q96RU2 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
USP28Q96RU2 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP28Q96RU2 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP28Q96RU2 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
USP28Q96RU2 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
USP28Q96RU2 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
USP28Q96RU2 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
USP28Q96RU2 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
USP28Q96RU2 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP28Q96RU2 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
USP28Q96RU2 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
USP28Q96RU2 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
USP28Q96RU2 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
USP28Q96RU2 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
USP28Q96RU2 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
USP28Q96RU2 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
USP28Q96RU2 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
USP28Q96RU2 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC32.76■■■□□ 2.83
USP28Q96RU2 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
USP28Q96RU2 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
USP28Q96RU2 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
USP28Q96RU2 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
USP28Q96RU2 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC32.69■■■□□ 2.82
USP28Q96RU2 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP28Q96RU2 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP28Q96RU2 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
USP28Q96RU2 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
USP28Q96RU2 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
USP28Q96RU2 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP28Q96RU2 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP28Q96RU2 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
USP28Q96RU2 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
USP28Q96RU2 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
USP28Q96RU2 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
USP28Q96RU2 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
USP28Q96RU2 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
USP28Q96RU2 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
USP28Q96RU2 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
USP28Q96RU2 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
USP28Q96RU2 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
USP28Q96RU2 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
USP28Q96RU2 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
USP28Q96RU2 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
USP28Q96RU2 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
USP28Q96RU2 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
USP28Q96RU2 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
USP28Q96RU2 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
USP28Q96RU2 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
USP28Q96RU2 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
USP28Q96RU2 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
USP28Q96RU2 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
USP28Q96RU2 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC32.2■■■□□ 2.74
USP28Q96RU2 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
USP28Q96RU2 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
USP28Q96RU2 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
USP28Q96RU2 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
USP28Q96RU2 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC32.14■■■□□ 2.74
USP28Q96RU2 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
USP28Q96RU2 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC32.03■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
USP28Q96RU2 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
USP28Q96RU2 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
USP28Q96RU2 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms