Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VMP1Q96GC9 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
VMP1Q96GC9 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VMP1Q96GC9 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VMP1Q96GC9 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VMP1Q96GC9 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VMP1Q96GC9 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
VMP1Q96GC9 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VMP1Q96GC9 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VMP1Q96GC9 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VMP1Q96GC9 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VMP1Q96GC9 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
VMP1Q96GC9 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VMP1Q96GC9 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
VMP1Q96GC9 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VMP1Q96GC9 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VMP1Q96GC9 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
VMP1Q96GC9 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
VMP1Q96GC9 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
VMP1Q96GC9 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
VMP1Q96GC9 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
VMP1Q96GC9 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VMP1Q96GC9 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
VMP1Q96GC9 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VMP1Q96GC9 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VMP1Q96GC9 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VMP1Q96GC9 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VMP1Q96GC9 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VMP1Q96GC9 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
VMP1Q96GC9 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
VMP1Q96GC9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VMP1Q96GC9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VMP1Q96GC9 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VMP1Q96GC9 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VMP1Q96GC9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VMP1Q96GC9 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VMP1Q96GC9 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VMP1Q96GC9 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
VMP1Q96GC9 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
VMP1Q96GC9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VMP1Q96GC9 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VMP1Q96GC9 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VMP1Q96GC9 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VMP1Q96GC9 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VMP1Q96GC9 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VMP1Q96GC9 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VMP1Q96GC9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VMP1Q96GC9 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VMP1Q96GC9 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VMP1Q96GC9 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VMP1Q96GC9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VMP1Q96GC9 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VMP1Q96GC9 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VMP1Q96GC9 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
VMP1Q96GC9 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VMP1Q96GC9 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VMP1Q96GC9 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VMP1Q96GC9 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VMP1Q96GC9 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VMP1Q96GC9 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VMP1Q96GC9 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VMP1Q96GC9 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VMP1Q96GC9 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VMP1Q96GC9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VMP1Q96GC9 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.4 ms