Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC31.58■■■□□ 2.65
HLA-CQ95604 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
HLA-CQ95604 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC31.53■■■□□ 2.64
HLA-CQ95604 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
HLA-CQ95604 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
HLA-CQ95604 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
HLA-CQ95604 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
HLA-CQ95604 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
HLA-CQ95604 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
HLA-CQ95604 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
HLA-CQ95604 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
HLA-CQ95604 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
HLA-CQ95604 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
HLA-CQ95604 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC31.18■■■□□ 2.58
HLA-CQ95604 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
HLA-CQ95604 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
HLA-CQ95604 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
HLA-CQ95604 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC31.12■■■□□ 2.57
HLA-CQ95604 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC31.11■■■□□ 2.57
HLA-CQ95604 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
HLA-CQ95604 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC31.09■■■□□ 2.57
HLA-CQ95604 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
HLA-CQ95604 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HLA-CQ95604 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HLA-CQ95604 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
HLA-CQ95604 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
HLA-CQ95604 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
HLA-CQ95604 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
HLA-CQ95604 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
HLA-CQ95604 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
HLA-CQ95604 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
HLA-CQ95604 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
HLA-CQ95604 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC30.89■■■□□ 2.54
HLA-CQ95604 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
HLA-CQ95604 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
HLA-CQ95604 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
HLA-CQ95604 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC30.87■■■□□ 2.53
HLA-CQ95604 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC30.84■■■□□ 2.53
HLA-CQ95604 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC30.83■■■□□ 2.53
HLA-CQ95604 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
HLA-CQ95604 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
HLA-CQ95604 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
HLA-CQ95604 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
HLA-CQ95604 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
HLA-CQ95604 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC30.79■■■□□ 2.52
HLA-CQ95604 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
HLA-CQ95604 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC30.76■■■□□ 2.51
HLA-CQ95604 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
HLA-CQ95604 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
HLA-CQ95604 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
HLA-CQ95604 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
HLA-CQ95604 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
HLA-CQ95604 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
HLA-CQ95604 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.61■■■□□ 2.49
HLA-CQ95604 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
HLA-CQ95604 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
HLA-CQ95604 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
HLA-CQ95604 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC30.51■■■□□ 2.47
HLA-CQ95604 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
HLA-CQ95604 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
HLA-CQ95604 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC30.47■■■□□ 2.47
HLA-CQ95604 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC30.47■■■□□ 2.47
HLA-CQ95604 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
HLA-CQ95604 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
HLA-CQ95604 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
HLA-CQ95604 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
HLA-CQ95604 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
HLA-CQ95604 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
HLA-CQ95604 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
HLA-CQ95604 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HLA-CQ95604 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC30.34■■■□□ 2.45
HLA-CQ95604 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
HLA-CQ95604 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HLA-CQ95604 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HLA-CQ95604 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
HLA-CQ95604 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HLA-CQ95604 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
HLA-CQ95604 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC30.26■■■□□ 2.44
HLA-CQ95604 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC30.21■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
HLA-CQ95604 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
HLA-CQ95604 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
HLA-CQ95604 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
HLA-CQ95604 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HLA-CQ95604 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms