Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
BEST3Q8N1M1 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BEST3Q8N1M1 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
BEST3Q8N1M1 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
BEST3Q8N1M1 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
BEST3Q8N1M1 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
BEST3Q8N1M1 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
BEST3Q8N1M1 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
BEST3Q8N1M1 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BEST3Q8N1M1 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BEST3Q8N1M1 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BEST3Q8N1M1 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BEST3Q8N1M1 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
BEST3Q8N1M1 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
BEST3Q8N1M1 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BEST3Q8N1M1 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BEST3Q8N1M1 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BEST3Q8N1M1 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BEST3Q8N1M1 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BEST3Q8N1M1 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BEST3Q8N1M1 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
BEST3Q8N1M1 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
BEST3Q8N1M1 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
BEST3Q8N1M1 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
BEST3Q8N1M1 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
BEST3Q8N1M1 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
BEST3Q8N1M1 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
BEST3Q8N1M1 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
BEST3Q8N1M1 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
BEST3Q8N1M1 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
BEST3Q8N1M1 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
BEST3Q8N1M1 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
BEST3Q8N1M1 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
BEST3Q8N1M1 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
BEST3Q8N1M1 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
BEST3Q8N1M1 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BEST3Q8N1M1 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
BEST3Q8N1M1 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BEST3Q8N1M1 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
BEST3Q8N1M1 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
BEST3Q8N1M1 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
BEST3Q8N1M1 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
BEST3Q8N1M1 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
BEST3Q8N1M1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
BEST3Q8N1M1 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BEST3Q8N1M1 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
BEST3Q8N1M1 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
BEST3Q8N1M1 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
BEST3Q8N1M1 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
BEST3Q8N1M1 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
BEST3Q8N1M1 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
BEST3Q8N1M1 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
BEST3Q8N1M1 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
BEST3Q8N1M1 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
BEST3Q8N1M1 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
BEST3Q8N1M1 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
BEST3Q8N1M1 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
BEST3Q8N1M1 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
BEST3Q8N1M1 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
BEST3Q8N1M1 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
BEST3Q8N1M1 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BEST3Q8N1M1 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
BEST3Q8N1M1 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
BEST3Q8N1M1 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BEST3Q8N1M1 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BEST3Q8N1M1 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms