Protein–RNA interactions for Protein: Q494X3

ZNF404, Zinc finger protein 404, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF404Q494X3 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
ZNF404Q494X3 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
ZNF404Q494X3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
ZNF404Q494X3 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
ZNF404Q494X3 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
ZNF404Q494X3 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
ZNF404Q494X3 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
ZNF404Q494X3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
ZNF404Q494X3 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
ZNF404Q494X3 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
ZNF404Q494X3 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
ZNF404Q494X3 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
ZNF404Q494X3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
ZNF404Q494X3 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
ZNF404Q494X3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
ZNF404Q494X3 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
ZNF404Q494X3 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
ZNF404Q494X3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
ZNF404Q494X3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
ZNF404Q494X3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
ZNF404Q494X3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
ZNF404Q494X3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
ZNF404Q494X3 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.72
ZNF404Q494X3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
ZNF404Q494X3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
ZNF404Q494X3 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
ZNF404Q494X3 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
ZNF404Q494X3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
ZNF404Q494X3 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
ZNF404Q494X3 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
ZNF404Q494X3 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF404Q494X3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF404Q494X3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF404Q494X3 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF404Q494X3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF404Q494X3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF404Q494X3 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
ZNF404Q494X3 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
ZNF404Q494X3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
ZNF404Q494X3 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
ZNF404Q494X3 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
ZNF404Q494X3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
ZNF404Q494X3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
ZNF404Q494X3 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
ZNF404Q494X3 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
ZNF404Q494X3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ZNF404Q494X3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
ZNF404Q494X3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ZNF404Q494X3 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
ZNF404Q494X3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
ZNF404Q494X3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ZNF404Q494X3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ZNF404Q494X3 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
ZNF404Q494X3 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
ZNF404Q494X3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
ZNF404Q494X3 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
ZNF404Q494X3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF404Q494X3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF404Q494X3 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF404Q494X3 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF404Q494X3 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
ZNF404Q494X3 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF404Q494X3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
ZNF404Q494X3 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
ZNF404Q494X3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
ZNF404Q494X3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
ZNF404Q494X3 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
ZNF404Q494X3 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
ZNF404Q494X3 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF404Q494X3 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF404Q494X3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms