Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL7A1Q02388 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL7A1Q02388 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL7A1Q02388 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL7A1Q02388 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL7A1Q02388 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL7A1Q02388 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
COL7A1Q02388 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
COL7A1Q02388 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL7A1Q02388 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL7A1Q02388 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL7A1Q02388 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
COL7A1Q02388 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL7A1Q02388 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL7A1Q02388 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL7A1Q02388 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL7A1Q02388 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL7A1Q02388 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL7A1Q02388 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL7A1Q02388 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL7A1Q02388 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL7A1Q02388 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL7A1Q02388 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL7A1Q02388 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL7A1Q02388 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
COL7A1Q02388 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL7A1Q02388 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL7A1Q02388 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL7A1Q02388 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL7A1Q02388 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL7A1Q02388 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL7A1Q02388 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL7A1Q02388 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL7A1Q02388 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL7A1Q02388 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL7A1Q02388 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL7A1Q02388 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL7A1Q02388 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL7A1Q02388 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL7A1Q02388 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL7A1Q02388 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL7A1Q02388 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL7A1Q02388 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL7A1Q02388 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL7A1Q02388 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL7A1Q02388 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL7A1Q02388 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL7A1Q02388 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL7A1Q02388 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
COL7A1Q02388 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL7A1Q02388 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL7A1Q02388 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL7A1Q02388 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL7A1Q02388 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL7A1Q02388 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL7A1Q02388 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
COL7A1Q02388 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
COL7A1Q02388 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL7A1Q02388 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL7A1Q02388 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
COL7A1Q02388 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL7A1Q02388 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL7A1Q02388 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL7A1Q02388 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL7A1Q02388 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL7A1Q02388 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms