Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL8A1P27658 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL8A1P27658 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
COL8A1P27658 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
COL8A1P27658 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL8A1P27658 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL8A1P27658 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL8A1P27658 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
COL8A1P27658 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL8A1P27658 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL8A1P27658 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL8A1P27658 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL8A1P27658 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL8A1P27658 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
COL8A1P27658 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
COL8A1P27658 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL8A1P27658 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL8A1P27658 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL8A1P27658 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
COL8A1P27658 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL8A1P27658 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL8A1P27658 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL8A1P27658 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL8A1P27658 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL8A1P27658 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL8A1P27658 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL8A1P27658 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL8A1P27658 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL8A1P27658 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL8A1P27658 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL8A1P27658 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL8A1P27658 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL8A1P27658 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL8A1P27658 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL8A1P27658 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL8A1P27658 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL8A1P27658 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL8A1P27658 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL8A1P27658 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL8A1P27658 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL8A1P27658 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL8A1P27658 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
COL8A1P27658 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL8A1P27658 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL8A1P27658 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL8A1P27658 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL8A1P27658 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL8A1P27658 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL8A1P27658 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL8A1P27658 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL8A1P27658 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL8A1P27658 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL8A1P27658 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL8A1P27658 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL8A1P27658 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL8A1P27658 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL8A1P27658 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL8A1P27658 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL8A1P27658 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL8A1P27658 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL8A1P27658 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL8A1P27658 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL8A1P27658 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL8A1P27658 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL8A1P27658 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL8A1P27658 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL8A1P27658 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL8A1P27658 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL8A1P27658 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL8A1P27658 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25■■□□□ 1.59
COL8A1P27658 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL8A1P27658 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL8A1P27658 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms