Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SMKR1H3BMG3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SMKR1H3BMG3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SMKR1H3BMG3 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SMKR1H3BMG3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SMKR1H3BMG3 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SMKR1H3BMG3 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SMKR1H3BMG3 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SMKR1H3BMG3 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SMKR1H3BMG3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
SMKR1H3BMG3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SMKR1H3BMG3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SMKR1H3BMG3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SMKR1H3BMG3 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SMKR1H3BMG3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SMKR1H3BMG3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
SMKR1H3BMG3 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
SMKR1H3BMG3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
SMKR1H3BMG3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
SMKR1H3BMG3 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
SMKR1H3BMG3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SMKR1H3BMG3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SMKR1H3BMG3 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SMKR1H3BMG3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SMKR1H3BMG3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SMKR1H3BMG3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMKR1H3BMG3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SMKR1H3BMG3 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
SMKR1H3BMG3 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMKR1H3BMG3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMKR1H3BMG3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMKR1H3BMG3 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
SMKR1H3BMG3 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMKR1H3BMG3 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
SMKR1H3BMG3 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMKR1H3BMG3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMKR1H3BMG3 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMKR1H3BMG3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMKR1H3BMG3 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMKR1H3BMG3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMKR1H3BMG3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SMKR1H3BMG3 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SMKR1H3BMG3 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SMKR1H3BMG3 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SMKR1H3BMG3 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SMKR1H3BMG3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SMKR1H3BMG3 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SMKR1H3BMG3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SMKR1H3BMG3 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SMKR1H3BMG3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms