Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL6A6A6NMZ7 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A6A6NMZ7 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A6A6NMZ7 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A6A6NMZ7 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A6A6NMZ7 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A6A6NMZ7 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A6A6NMZ7 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A6A6NMZ7 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A6A6NMZ7 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A6A6NMZ7 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A6A6NMZ7 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A6A6NMZ7 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL6A6A6NMZ7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A6A6NMZ7 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A6A6NMZ7 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A6A6NMZ7 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A6A6NMZ7 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A6A6NMZ7 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A6A6NMZ7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A6A6NMZ7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A6A6NMZ7 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL6A6A6NMZ7 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A6A6NMZ7 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A6A6NMZ7 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A6A6NMZ7 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A6A6NMZ7 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A6A6NMZ7 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL6A6A6NMZ7 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A6A6NMZ7 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A6A6NMZ7 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A6A6NMZ7 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL6A6A6NMZ7 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A6A6NMZ7 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A6A6NMZ7 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A6A6NMZ7 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A6A6NMZ7 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A6A6NMZ7 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A6A6NMZ7 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A6A6NMZ7 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A6A6NMZ7 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A6A6NMZ7 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A6A6NMZ7 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A6A6NMZ7 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A6A6NMZ7 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A6A6NMZ7 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.58■■□□□ 1.84
COL6A6A6NMZ7 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A6A6NMZ7 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A6A6NMZ7 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A6A6NMZ7 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A6A6NMZ7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.84
COL6A6A6NMZ7 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL6A6A6NMZ7 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL6A6A6NMZ7 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A6A6NMZ7 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A6A6NMZ7 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL6A6A6NMZ7 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A6A6NMZ7 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A6A6NMZ7 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A6A6NMZ7 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A6A6NMZ7 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A6A6NMZ7 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A6A6NMZ7 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A6A6NMZ7 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A6A6NMZ7 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A6A6NMZ7 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A6A6NMZ7 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A6A6NMZ7 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A6A6NMZ7 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A6A6NMZ7 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A6A6NMZ7 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A6A6NMZ7 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A6A6NMZ7 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A6A6NMZ7 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A6A6NMZ7 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A6A6NMZ7 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms