Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PID1-202ENST00000392054 2745 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ELK1-201ENST00000247161 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VMP1Q96GC9 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms