Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LIM2P55344 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.6 ms