Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SNX1-214ENST00000625244 324 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms