Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP40Q9NVE5 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP40Q9NVE5 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms