Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH9Q9HC56 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCDH9Q9HC56 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms