Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.6 ms