Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
MSX1P28360 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
MSX1P28360 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
MSX1P28360 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
MSX1P28360 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
MSX1P28360 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
MSX1P28360 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
MSX1P28360 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
MSX1P28360 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
MSX1P28360 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
MSX1P28360 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
MSX1P28360 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX1P28360 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
MSX1P28360 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX1P28360 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX1P28360 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX1P28360 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX1P28360 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX1P28360 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX1P28360 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX1P28360 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX1P28360 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX1P28360 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX1P28360 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX1P28360 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX1P28360 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX1P28360 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX1P28360 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX1P28360 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 253.9 ms