Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
SHOX2O60902 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SHOX2O60902 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms