Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms