Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

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Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
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CLIP4Q8N3C7 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
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CLIP4Q8N3C7 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
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CLIP4Q8N3C7 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CLIP4Q8N3C7 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
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CLIP4Q8N3C7 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
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CLIP4Q8N3C7 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
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CLIP4Q8N3C7 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
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CLIP4Q8N3C7 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CLIP4Q8N3C7 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
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