Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 GHRHR-212ENST00000611037 923 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AC111170.1-201ENST00000591110 1132 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 ATXN3-201ENST00000340660 1205 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AC006455.8-201ENST00000451381 351 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AP002803.1-201ENST00000528836 498 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AC004686.1-201ENST00000605113 538 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 Z84468.1-201ENST00000626321 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 RPL7P35-201ENST00000446943 740 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 C8orf31-207ENST00000524181 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AC091564.6-201ENST00000526633 487 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 AC009264.1-206ENST00000592183 534 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A3P12111 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms