Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms