Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms