Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms