Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSD5

SLC6A13, Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 2, humanhuman

Predictions only

Length 602 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC6A13Q9NSD5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A13Q9NSD5 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC6A13Q9NSD5 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC6A13Q9NSD5 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 133.4 ms